На ученом совете, в который входят проректоры и ведущие преподаватели Семинарии, обсудили вопросы введения в систему обучения направления магистратуры. По словам Председателя Отдела образования и просвещения Новосибирской Митрополии протоиерея Бориса Пивоварова, в Новосибирске есть потенциал для создания церковной магистратуры. 

Также члены совета обсудили вопрос аттестации преподавателей и сотрудников Семинарии и состав аттестационной комиссии на 2016-2017 учебный год.