Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II был пятнадцатым Предстоятелем Русской Православной Церкви с момента введения Патриаршества на Руси.

Патриарх Алексий II оставил след и в истории Томской епархии. Его Святейшество дважды побывал в Томске.

В пасхальные дни с 11 по 17 мая 1991 года, впервые с момента Крещения Руси в 988 году, Предстоятель Русской Православной Церкви пересёк Урал и посетил Новосибирскую и Барнаульскую епархию, в состав которой входило Томское благочиние.

В Томске Патриарх Алексий II совершил Божественную литургию и молебен в Петропавловском соборе. В благословение храму на молитвенную память Его Святейшество подарил икону с частицей мощей преподобного Амвросия Оптинского.

Также он посетил Воскресенский и Троицкий храмы, Богородице-Алексиевский монастырь, совершил закладку храма в честь Владимирской иконы Божией Матери в Северске.

Во второй свой визит в Томск, в мае 2002 года, Патриарх Алексий II освятил Иверскую часовню, подарив Иверскую икону Божией Матери. Также он освятил новые корпуса Томской духовной семинарии, Томское епархиальное управление и храм Владимирской иконы Божией Матери Северска.

Кроме того, в ходе визита Патриарха состоялось возвращение посоха святителя Феодосия Черниговского — символа преемственности пастырской власти томских епископов с XIX века, который на протяжении 90 лет передавался от одного архиерея к другому. Сейчас этот посох хранится в Музее Томской духовной семинарии.

Предстоятель Русской Православной Церкви отошёл ко Господу утром 5 декабря 2008 года в своей резиденции в подмосковном посёлке Переделкино. Двенадцать мерных ударов томского царь-колокола на звоннице Воскресенской церкви возвестили Томску о кончине Патриарха Московского и всея Руси Алексия II.

Завтра во всех томских храмах, после Литургии, будут совершены заупокойные богослужения — литии по Святейшему Патриарху Московскому и всея Руси Алексию II.