Во время торжества открытия преосвященный Парфений благословил Томскую семинарию местночтимой иконой святителя Иннокентия Иркутского, написанной на доске с гробницы самого святого; состоялась торжественная служба в Благовещенском кафедральном соборе, увенчавшаяся Крестным ходом до Семинарии.

Первый набор состоял из 120 человек: на четверть это были семинаристы, переведенные из Иркутской и Тобольской семинарий, остальные — новонабранные, в основном из семей священнослужителей. В семинарии было три отделения — низшее, среднее и высшее. Обучение продолжалось 6 лет, в течение которых изучались следующие предметы: Священное Писание Ветхого и Нового Завета, Догматическое богословие, Нравственное богословие, Основное богословие, Пастырское богословие, Философия, Логика, Дидактика, Психология, Церковно-библейская история, Общая гражданская история, Церковная русская история, История старообрядческого раскола, История русской литература, Гомилетика, Литургика, Каноника, Патристика, Русский язык, Церковно-славянский язык, Греческий язык, Латинский, Древнееврейский, Французский, Немецкий (всего 26 предметов). Оценивались знания непривычными для нас формулировками: «очень слабо», «слабо», «не худо», «порядочно», «хорошо», «очень хорошо». По окончании семинарии выпускникам выдавался аттестат. Все преподаватели были выпускниками духовных академий и имели ученую степень не ниже кандидата богословия.

В течение 41 года у Томской семинарии не было своего здания. «Скиталица» называли её томские архиереи. Занятия же велись в ветхих зданиях, приписанных к архиерейскому дому, общежитие было тесным, а многие семинаристы вынуждены были снимать частные квартиры. В 1882 году семинария переводится в Алексеевский монастырь, где находится ещё немало времени. Только при святителе Макарии (Невском) Томская духовная семинария обретает, наконец, свой собственный новопостроенный комплекс зданий (ныне здание на улице Никитина). Обновленная семинария, открывшая свои двери 3 октября 1899 года, по оценкам современников, представляла собой не только одно из самых солидных и красивых зданий, украшавших город, но и одно из лучших учебных заведений по внешнему благоустройству среди всех российских семинарий. Новый комплекс зданий семинарии включал в себя храм Святителя Иннокентия Иркутского, общежитие, классы, больницу, столовую, баню. Была у семинарии своя местная система отопления, своя электростанция, гимнастический зал, великолепный сад, с протекавшей по нему речкой Игуменкой, во дворе — кегельбан, площадка для игры в мяч, зимой сооружался ледяной каток.

Семинария имела четыре библиотеки: фундаментальную, ученическую, бесплатную и процентную, фонды которых насчитывали в общей сложности около 15 тысяч книг.

Некоторые семинаристы, из числа успешно закончивших Духовную школу, не останавливались на достигнутом: обучались в последствии в Духовных академиях или становились студентами открытого в Томске в 1888 году Императорского Университета.

Осенью 1992 года, совершилось второе рождение Томской духовной семинарии. Город был един в своём желании помочь: вложили свою лепту и томское духовенство, и Совет ректоров вузов города, областная и городская администрации. Семинария сразу сумела занять достойное место в структуре городских учебных заведений. Научная библиотека Университета возвратила часть сохранившихся дореволюционних семинарских книжных фондов, многие ведущие специалисты вузов города наряду со священниками Томских храмов стали первыми преподавателями вновь открывшегося духовного учебного заведения.